Üldine apelleerimise jada on järgmine: otsuse teinud isik > õppeprodekaan > vaidluskomisjon
Vastavalt vaidluskomisjoni kodukorrale võib komisjon vaidluse lahendamiseks tutvuda kõigi vajalike dokumentidega, küsitleda vaidluse osapooli, teisi vaidlusega seotud isikuid ja asjassepuutuvaid ülikooli töötajaid ning konsulteerida üliõpilasesinduse, õppekomisjoni ja õppekorraldusnõustajaga. Vaidluskomisjon teavitab üliõpilast 21 päeva jooksul apellatsiooni esitamisest arvates sellest, kas
Komisjonil on õigus mõjuvatel põhjustel apellatsiooni läbivaatamise tähtaega pikendada, millest teavitatakse apellatsiooni esitajat. Vaidluskomisjoni otsus ülikoolis edasikaebamisele ei kuulu.
Kui üliõpilane ei nõustu lõpueksamil või lõputöö kaitsmisel saadud hindega, on tal õigus esitada õppeprodekaanile kirjalik apellatsioon 3 tööpäeva jooksul pärast lõpueksami või lõputöö tulemuste teatavaks tegemist. Õppeprodekaan kutsub apellatsiooni läbivaatamiseks kokku uues koosseisus komisjoni 7 päeva jooksul apellatsiooni saamisest arvates. Komisjon lahendab apellatsiooni 7 päeva jooksul komisjoni kokkukutsumisest arvates. Komisjoni otsust saab vaidlustada, esitades 7 päeva jooksul apellatsiooni vaidluskomisjonile.
Hinde, sh ka lõpueksamil või lõputöö kaitsmisel saadud hinde apelleerimisel tuleb arvestada sellega, et uuel hindamisel on õppeprodekaani kokkukutsutud komisjonil õigus jätta hinne muutmata, tõsta või langetada hinnet. Vaidluskomisjon ei saa teha uut pedagoogilist otsust, vaid kontrollib, kas hinde panemisel on järgitud protseduurinõudeid.
Kui doktoriõppes õppija ei nõustu atesteerimiskomisjoni otsusega, on tal õigus esitada teadusprodekaanile kirjalik apellatsioon 7 päeva jooksul pärast atesteerimiskomisjoni otsuse teatavakstegemist. Teadusprodekaan kutsub apellatsiooni läbivaatamiseks kokku uues koosseisus komisjoni 7 päeva jooksul apellatsiooni saamisest arvates. Komisjon lahendab apellatsiooni seitsme päeva jooksul komisjoni kokkukutsumisest arvates. Komisjoni otsust saab vaidlustada, esitades 30 päeva jooksul otsuse teatavakstegemisest apellatsiooni vaidluskomisjonile.
Kui apellatsioon on esitatud atesteerimisel teadustöö eest antud ainepunktide arvu vaidlustamiseks, on komisjonil õigus jätta teadustöö eest antavate ainepunktide arv samaks, suurendada ainepunktide arvu või vähendada seda. Vaidluskomisjonil ei ole õigust muuta atesteerimisel antavate ainepunktide arvu.
Kui üliõpilane ei nõustu õppeprodekaani otsusega õppetasu määramise või õppetasu maksmisest vabastamise kohta, on tal õigus esitada õppeprodekaanile kirjalik apellatsioon 10 tööpäeva jooksul otsuse teatavaks tegemisest. Õppeprodekaan teeb oma põhjendatud otsuse üliõpilasele teatavaks 7 päeva jooksul apellatsiooni esitamisest arvates. Kui õppeprodekaan otsust ei muuda, võib üliõpilane esitada otsuse vaidlustamiseks apellatsiooni õppeprorektorile 7 päeva jooksul otsuse muutmata jätmisest. Õppeprorektor teavitab üliõpilast 14 päeva jooksul apellatsiooni esitamisest arvates kas vaidlustatud otsus jääb jõusse või tühistab selle ja teeb sama asja kohta uue otsuse. Õppeprorektori otsus ülikoolis edasikaebamisele ei kuulu.
Juhul, kui üliõpilane on veendunud, et hoiatuse tegemiseks ei olnud alust, on tal võimalik hoiatus vaidlustada. Akadeemilise petturluse ja vääritu käitumise kahtlusega juhtumite menetlemiseks on ülikooli igas valdkonnas või ka instituudis loodud alalised komisjonid. Igas valdkonnas on oma akadeemilise petturluse menetlemise kord, mille leiab valdkonna kodulehelt. Üliõpilasel on õigus esitada hoiatuse saamisel viie tööpäeva jooksul seletuskiri ja taotleda juhtumi menetlemist selle struktuuriüksuse akadeemilise petturluse komisjonis, kuhu vastav õppeaine kuulub.
Komisjoni otsus ülikoolis edasikaebamisele ei kuulu. Vaidlustada saab komisjoni töö tulemusel tehtud õppejõu või õppeprodekaani otsust.